本中心实验环境通风透光、干净卫生、宽敞明亮、环境幽雅，为学生提供了良好的实验环境。每个实验室还制定了规范化的安全、环保制度，实验室内都张挂有《实验室安全工作规定》、《学生实验守则》等有关实验室管理规定。每个实验室都有专人管理，做到责任到人；而本中心主任则是安全工作的第一责任人，负责本中心的安全；新进入实验室的人员必须认真学习《实验室安全工作规定》和《实验室安全管理制度》等有关规章制度，掌握基本安全知识和事故救护常识。本中心定期对实验室的安全情况进行监督检查，确保整个实验室的安全各实验室严格按照环保要求建设和运行。有毒有害气体和污水处理达标后排放。实验过程中产生的固体废物分类后由学校国资处收集，交环保部门集中处理。
中心安装有烟雾报警器，配备有灭火器，具有较完备的消防设施。实验室的电线（动力和照明线）电缆（网线）均采用暗线暗盒施工，规范有序，并采用防火材料。实验座椅、墙壁、地面、窗台、窗帘等也都为环保材料，能够保证学生的健康安全；过程中低级、繁琐、重复性工作，如实验教学管理系统等网络平台，实现中心实验室开放预约、大型仪器管理、实验教学管理、实验室实时监控等功能。
本中心在运行过程中严格按照《教育部国家环境保护总局关于加强高等学校实验室排污管理的通知》、《消防安全综合治理制度》、《实验室安全及卫生管理制度》等条例进行技术安全、环境保护和社会治安综合治理。同时，本中心特别针对实验设备管理环节，建立了实验室管理及仪器设备管理体系，制度明确、职责落实到人。实验室设备执行统一管理，专人负责制。
后勤集团保安中心全面负责本中心安全，学校保安系统对楼道、房间实行24小时不间断监控，实行物品出入登记制度。物管公司有专职清洁工，每天打扫卫生，保持大楼、走廊和实验室的清洁卫生。